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白暨豚隶属于鲸目，齿鲸亚目，淡水豚科，是世界上稀有的珍贵水生哺乳动物，仅产于长江中下游，1987～1990年调查，种群数量约200头，属国家1级保护动物，列为世界濒危动物。白暨豚声纳系统发达，对仿生学、动物声学和军事科学等应用科学的研究有一定的参考价值。1987年国家在湖北石首长江天鹅洲故道建立白暨豚半自然保护区。江豚俗称江猪，隶属于鲸目，鼠海豚科，是一种分布较广的小型豚类，长江、珠江、鸭绿江及沿海均有有分布，下游为其主要聚居地。1984～1991年调查，种群数量约2700头。江豚是一种近岸活动的豚类，常出没于支流、湖泊与长江交汇处，或洲滩下首及河弯的缓流区。江豚被列为国家2级保护动物。自鲟隶属于鲟形目，匙吻鲟科，淡水珍稀鱼类。世界上匙吻鲟科鱼类仅2属2种：一种是美国密西西比河产的匙吻鲟；另一种是主要分布在长江的白鲟。白鲟身长可达7m，长度为淡水鱼类之冠。在研究鱼类起源、演化和地理分布上，有重要的科学价值，亦有一定的经济价值，已列为国家1级保护鱼类。中华鲟隶属于鲟形目，鲟科，鲟属，长江的大型经济鱼类。本属鱼类在我国有6种，长江上有2种，即中华鳄和达氏鲟。中华鳄是湖河洄游性鱼，在海洋里生长，黄海、东海和南海北部都可见到，成熟后到江河内繁殖。其体型硕大，最大体重达680kg。中华鲟是鲟属鱼类中分布纬度最低的一个种，具有重要的学术研究价值。1980年10月兴建葛洲坝工程，长江截流后，中华鲟已不能上溯到四川境内繁殖。长江葛洲坝中华鲟研究所开展中华鲟人工繁殖育苗研究，进行增殖放流，葛洲坝下游形成了新的中华鲟产卵场，每年都有亲鲟进行自然繁殖。中华鲟已列为国家1级保护鱼类。达氏鲟又名长江鲟，是一种较大型淡水经济鱼类，主要生活在长江上游，偶而见于中游，是一种定居淡水的鲟。最大体重30余kg。目前其种群数量显着减少，可以作为长江三峡水库及其他大型水体的增养殖对象。重庆市水产研究所对达氏鲟人工繁殖研究已获成果。达氏鲟被列为国家1级保护鱼类。胭脂鱼隶属于鲤形目，亚日鱼科，是长江上游重要经济鱼类之一。我国的亚口鱼科仅1属回种，即胭脂鱼。胭脂鱼每年3～4月上溯到金沙江、纸江和嘉陵江等急流石滩产卵繁殖，一部分幼鱼顺流而下，在长江中。下游于流中生活，偶有进入湖泊。曾捕到的胭脂鱼，最大体重约30kg。胭脂鱼被列为国家Z级保护鱼类。川陕哲罗鲑冷水性鱼类。我国的蛙科鱼类有8属17种和亚种，主要分布在北方，长江上游仅1属1种，即川陕哲罗鲑，是哲罗鱼属中分市纬度最低的一种。在研究动物地理学、鱼类系统发育与气候变化等方面，川陕哲罗鲑具有重要的学术价值。20世纪60年代前在四川西部及陕西太白山南麓的西太白河上游（汉江支流）分布较广泛，由于人为肆意捕杀，目前四川的汉川、茂县、峨边、大川河及天全河等已不见这种鱼的踪迹，现分布区仅剩大渡河河源江段（四川阿坝地区、青海班玛、陕西西太白河上游）。川陕哲罗鲑已列为国家2级保护鱼类。扬子鳄古称"鼍"，属爬行纲，鳄科，鼍亚科、鼍属。本属动物世界上仅有2种：一种是长江的扬子鳄；另一种是仅见于美国东南部的密河鳄。扬子鳄分布在长江下游安徽南陵、郎溪、广德、任县、宣州等市县和浙江的长兴、安吉，具有很高的科研价值及经济价值，为国家1级保护动物，列为世界濒危、禁运种类。国家已在安徽宣州建立扬子鳄自然保护区，浙江民兴、安吉也建有自然保护区，采用自然受精人工孵化技术。目前自然保护区内野生及人工繁殖的扬子鳄已有约2000条。大鲵俗称"娃娃鱼"，是我国约30种有尾两栖类中体型最大的一种，最大体重约70kg，是世界珍稀的两栖动物。栖息于海拔160～800m的山涧峡谷河道中，适应水温10～28℃，在生物进化研究及营养、药用上具有重要科研价值。由于在自然条件下繁殖率低，生长缓慢，加上人类大量捕捉，巳危及物种的生存，被列为国家2级保护动物。此外，在长江流域两栖动物中，还有一些物种，数量已极少，并且分布区极为狭窄，被列为国家2级保护动物的有：细痣疣螺、贵州疣螈、大凉疣螈和虎纹蛙。
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